L'ordonnance procède par ailleurs à des correctifs, concernant l'articulation des procédures d'autorisation d'urbanisme avec la procédure d'autorisation unique expérimentée pour les installations, ouvrages, travaux et activités dite « AU-IOTA ».

Il est par exemple prévu que les travaux autorisés par le permis ou la décision de non-opposition à déclaration préalable ne peuvent pas commencer, avant l'intervention de l'autorisation ou de la décision favorable requise au titre de la police de l'eau et/ou jusqu'à l'accord de la dérogation à l'interdiction d'atteinte aux espèces protégées. 

En ce qui concerne l'AU-IOTA, l'ordonnance indique que le préfet pourra désormais accorder des dérogations à l'enquête publique unique, permettant de procéder à plusieurs enquêtes publiques pour un même projet de construction ou d'aménagement. L'obligation de dépôts simultanés des demandes d'autorisation d'urbanisme et d'AU-IOTA est quant à elle supprimée. Les permis de démolir peuvent être mis en œuvre sans attendre la délivrance de l'AU-IOTA, dès lors que les travaux de démolition ne portent pas atteintes aux intérêts protégés par la procédure d'autorisation unique

Enfin, il est prévu d'appliquer aux permis d'aménager la disposition dérogatoire du droit commun, selon laquelle les permis peuvent être accordés sans attendre l'autorisation de défricher. Pour autant, les permis de construire et d'aménager ne peuvent recevoir exécution avant la délivrance de l'autorisation unique IOTA.

Les dispositions de la présente ordonnance ne s'appliquent pas aux projets ayant fait l'objet d'une demande d'autorisation d'urbanisme, en cours d'instruction. En ce qui concerne les dispositions applicables aux permis de démolir, elles s'appliquent aux projets pour lesquels des permis de démolir ont été demandés ou délivrés mais n'ont pas encore été exécutés avant le 26 mars 2016.

Cette ordonnance s'accompagne d'un décret d'application.