2. En l’espèce, le litige concernait un arrêté du 5 août 2013 pris par le préfet de Loire-Atlantique, également préfet de la région Pays-de-la-Loire, portant déclaration d’utilité publique d’un projet d’aménagement de voiries départementales et communales sur le territoire des communes de Notre-Dame-des-Landes, Vigneux-de-Bretagne, Fay-de-Bretagne, Grandchamp-des-Fontaines et Treillières.
Le projet avait fait l’objet d’un avis du préfet de région, élaboré par la direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DREAL) des Pays-de-la-Loire.
Par deux arrêts n°15NT02847 et n°15NT02860 du 14 novembre 2016, la Cour administrative d’appel de Nantes avait écarté les moyens tirés de l’irrégularité de la procédure. Au terme d'un examen in-concreto, elle avait estimé que la DREAL, service du préfet de région, disposait de moyens administratifs et humains qui lui étaient propres. En ce sens, elle satisfaisait à l’exigence de séparation fonctionnelle posée par la jurisprudence européenne. Elle était donc en mesure d’accomplir sa mission de consultation en matière environnementale et de rendre un avis au regard duquel le préfet de département, également préfet de région, devait prendre une décision.
Une solution similaire avait été préalablement retenue par les CAA de Marseille (n°15MA00264 du 12 juillet 2016), de Douai (10 novembre 2016, n°15DA00141), et de Versailles (11 juin 2015, n°13VE01650) puis, postérieurement au premier arrêt susvisé du Conseil d’Etat, elle avait été réitérée par la CAA de Nantes (26 décembre 2018, n°17NT01268) mais écartée par la CAA de Lyon (9 avril 2019, n°17LY00752).
3. Par son arrêt du 21 août 2019, la Haute Juridiction considère qu’« en jugeant que (…) la procédure suivie en l’espèce n’avait pas été entachée d’irrégularité par la circonstance que le préfet de la Loire-Atlantique, préfet de la région Pays-de-la-Loire, était, à la fois, autorité décisionnaire pour le projet déclaré d’utilité publique par l’arrêté attaqué et autorité environnementale chargée d’émettre un avis sur ce projet, la cour administrative d’appel a entaché les arrêts attaqués d’erreurs de droit ». En d’autres termes, le Conseil d’Etat censure le défaut d’autonomie et d’indépendance entre les deux autorités.
Toutefois, ce vice d’illégalité externe est susceptible de faire l’objet d’une régularisation selon la procédure prévue par l’article L. 181-18 du code de l’environnement et la grille d’analyse élaborée par le Conseil d’État, dans son arrêt du 27 mai 2019 (n° 420554).
Cette régularisation peut, notamment, résulter d’une consultation de la Mission régionale de l’autorité environnementale, une formation émanant du Conseil général de l’environnement et de développement durable qui présente des garanties d’autonomie satisfaisantes selon le Conseil d’Etat (arrêt du 27 septembre 2018, n° 420119).
Enfin, et en tout état de cause, l’article 4 du projet de loi relatif à l’énergie et au climat (dont la promulgation est attendue avant la fin de l’année) prévoit qu’un décret en Conseil d’État désignera la nouvelle autorité environnementale, en lieu et place du préfet de région.
