Dans un récent arrêt du 26 juin 2015, rendu à la suite d’un recours formé par une association à l’encontre du décret n° 2012-616 en date du 2 mai 2012 relatif à l'évaluation de certains plans et documents ayant une incidence sur l'environnement, le Conseil d’Etat a eu l’occasion de se prononcer sur l’indépendance de l’autorité environnementale.
Il a d’abord rappelé l'analyse de la Cour de Justice de l'Union européenne exprimée dans son arrêt Seaport (CJUE 20 octobre 2011, C474/10), selon laquelle les exigences européennes en matière d'indépendance de l'autorité environnementale vis-à-vis de l'autorité chargée de l'élaboration du plan ou programme (i) n'empêchent pas à une même autorité d'élaborer un plan ou programme et d'être chargée de la consultation en matière environnementale, et (ii) n'imposent pas qu'une autorité de consultation soit créée dès lors qu'il existe une séparation fonctionnelle entre l'entité interne chargée de l'élaboration et l'entité interne chargée de la consultation environnementale.
Sur la base de cette analyse, le Conseil d'Etat a censuré certaines dispositions du décret n°2012-616 en date du 2 mai 2012, au motif que ces dispositions confient à la même autorité, l’approbation du plan ou programme et la compétence d’autorité environnementale (Préfet de département ou Préfet de région), sans pour autant prévoir de disposition de nature à garantir que la compétence de consultation en matière environnementale sera exercée, au sein de cette autorité, par une entité disposant d’une autonomie effective.
Au regard des dispositions censurées, il apparaît, par analogie, que le Préfet de Région (via la DREAL) et le Préfet de département sont considérées comme des autorités distinctes par le juge administratif.
